台湾中华佛教居士会有“团体”会员与“个人”会员，会员大会为最高权力机构。理事会为执行机构，设有常务理事十一人，理事二十四人，理事长综理一切会务，副理事长二人，协助理事长佐理会务。监事会为监察机构，设常务监事三人，监事八人。行政单位设秘书处，置秘书长一人、副秘书长二人、秘书二人，负责协助执行会务。工作单位设法务组、放生组、慈济组、事务组、活动组、财务组、助念组、香积组、弘法组、服务组、研训组、接引组、义诊组，并设有图书馆。

该会附属机构有“青年委员会”及“两岸交流委员会”、“国际交流委员会”、“编辑委员会”，分别负责引导青年参加国内或国际举办的青年各项活动、促进两岸交流各项活动、促进国际交流各项活动及“中华宝筏”杂志编辑工作。