一年间，少林寺就经历了崇佛——灭佛——崇佛

佛教自汉魏传入中国，经过几百年的发展，到南北朝时已非常兴盛，少林寺就是北朝的北魏孝文帝为所仰慕的印度高僧跋陀建造的，延绵几十年，到北周武帝时，香火更加旺盛。不料，出了一位僧人，准确说，是一个还俗的僧人，险些置少林寺于万劫不复的境地。此人叫卫元嵩，耐不住佛门的清苦寂静，还俗后给人算命，也会吟诗作赋，渐渐有了名气，又结交权贵，直到最后得以接近武帝。

卫元嵩上书武帝说佛门寺院僧众过多，又不纳税粮，占据大量土地，养尊处优腐化堕落，甚至说寺院很容易藏匿犯罪嫌疑人，特别是藏在巨大的佛塔佛像后，给刑侦人员办案带来极大困难，极其不利于社会治安。又说道家跟佛家也差不多，都是虚幻的高谈阔论，于政事无益，应该以儒家思想治理天下。这话很对武帝的胃口，但是武帝并没有马上听他的，而是独出心裁，举办了一个大型研讨会，大家自由辩论，看看到底哪家更好。

这大型研讨会自从举办以来，一届届越来越红火，武帝的思想也慢慢成了型，他认为还是圣人的儒家学说最高，道家第二，因为是本土的文化，佛家最后，到底是外来的。于是他在会上把这种思想流露出来了，这立即引起了佛家代表的不满，研讨辩论还在进行中，怎么能突然宣布标准答案呢，当时就有了火药味，武帝也上了点火，竟然忘了自己裁判员和观察员的身份，下场去参加辩论，偏偏又说不过佛门的智炫法师，于是愤然离场，拂袖而去。其实这也无所谓，可是无独有偶，紧跟着发生了另外一件事。街面上突然出现了一种传言：穿黑衣服的人要得天下，武帝听到后非常惶恐，原来，造谣者是个叫张宾的道士，当时，只有佛门弟子才穿黑衣服，而道士则穿漂亮吉祥黄道袍，很明显这是个歹毒的阴谋，要借刀杀人。武帝果然上当，凶残的灭佛行动开始了。

庆幸的是，少林寺并没受到很大波及，因为当时北周与北齐两个国家的分界线在潼关一线，少林寺虽然靠近边境，好在还算是在东边的北齐境内，所以暂时得到了保全。可是好景不长，武帝在灭佛行动中得到了大量的土地和资产，又把众多僧人编入了军队，国力大为增强，于是开始向东扩张，并迅速消灭了北齐，紧接着灭佛行动在新的占领区开始，比本土更为惨烈

。少林寺首当其冲，肯定难逃此劫，寺院被废，土地被没收，塔林佛像被毁，经书典籍被付之一炬，大小僧众被编入军队或被遣散，少林寺彻底不存在了。

然而事情突然逆转，一年后武帝暴死，众多的猜测来了，皇帝一向身体健康，又新近统一了北方，心情也非常愉快，怎么会突然死了呢？肯定是灭佛的报应啊！于是对佛门的打击停止了。

武帝的儿子新君宣帝即位，一年后竟然也死了，看来报应还在继续，接着静帝即位，大臣们不想这位幼小的皇帝再出什么意外，建议改变宗教政策，再度崇佛，于是静帝下旨，敕令重建少林寺，不过给改了个名字，叫陟岵寺，含义是思念他的父亲宣帝。后来杨坚又把它改了回来，还叫少林寺，当然那是在他取代北周建立大隋之后的事了，都是后话了。