不同质料的念珠，在持诵修行时所获功德不同。据《佛说校量数珠功德经》所载，不同材料的念珠差异如下：

　　质料—— 功德倍数　　铁—— 五倍　　赤铜—— 十倍　　珍珠、珊瑚—— 百倍　　木槵子—— 千倍　　莲子—— 万倍　　因陀罗怯义(青色宝石) —— 百万倍　　金刚子—— 千万倍　　水精(晶)—— 万万倍　　菩提子—— 无量数

　　修不同的法使用不同的念珠，在密宗修持中，据《金刚顶瑜珈念珠经》载：“佛部念诵菩提子，金刚部法金刚子，宝部念诵以诸宝，莲花部珠用莲子，羯磨部中为念珠，众珠间杂应贯串。”这是指唐密(也就是汉地密教，由唐朝开元年间善无畏、金刚智、不空三大十传来中土)中修法中分为五大部即佛部、金刚部、莲花部、宝部、羯磨部，每一部有五大类真言，三密(身、口、意)修行方法有其仪轨，因此使有不同质量的念珠，所获功德也有差异：

　　质料—— 功德倍数　　砗磲 —— 一倍　　木槵子 —— 二倍　　铁—— 三倍　　熟铜—— 四倍　　水晶、珍珠、诸宝—— 百倍　　帝释子—— 千倍　　金刚子—— 俱胝(十万)　　莲子——俱胝(万万)　　菩提子——无量数